合成生物學(xué)的發(fā)展經(jīng)歷了上世紀七十年代的簡(jiǎn)單基因操作到目前復雜生物系統理性構建的過(guò)程。現如今合成生物學(xué)的應用已經(jīng)涵蓋生命科學(xué)、生物醫藥、生物能源、生物材料、生物食品等領(lǐng)域，為我們帶來(lái)無(wú)限的可能性。
在實(shí)驗室里許多的合成生物學(xué)項目，備受發(fā)酵企業(yè)青睞。甚至在政府與產(chǎn)業(yè)資金支持下，近幾年國內許多合成生物學(xué)新公司應運而生。但一項新技術(shù)從科研到成果落地的技術(shù)轉移又是一個(gè)漫長(cháng)、復雜的過(guò)程，實(shí)驗室完成菌株設計后，如何與中試進(jìn)行交接？合成生物學(xué)技術(shù)轉移中雙方確認指標需要注意些什么？筆者想談?wù)勛约旱囊恍┛捶ā?/p>
一、正確看待表觀(guān)轉化率的差異。發(fā)酵指標不是線(xiàn)性的，首先，小試搖瓶時(shí)菌濃較低其轉化率與放大時(shí)高密度發(fā)酵的表觀(guān)轉化率可能不一致；其次，小試時(shí)高濃度、高質(zhì)量的蛋白胨、酵母粉等，影響表觀(guān)轉化率與真實(shí)轉化率的誤差；再次，從工藝層面，小試與放大時(shí)不同的發(fā)酵周期，也會(huì )導致表觀(guān)轉化率差異大。只有在放大工藝逐步調整穩定后才能得到確定的轉化率指標；而刨除培養基與工藝的影響，小試時(shí)的表觀(guān)轉化率更多地可作為合成生物學(xué)前期DBTL過(guò)程中平行篩選時(shí)的一個(gè)指標而已。
本人接觸到的一個(gè)項目，放大時(shí)高密度發(fā)酵其菌濃比搖瓶的高很多，發(fā)酵周期也有延長(cháng)，就有搖瓶不補糖而放大時(shí)需要補糖；導致放大時(shí)表觀(guān)轉化率比搖瓶最佳時(shí)的表觀(guān)轉化率低。經(jīng)過(guò)很多分析，最后確認原因是，當糖消耗較低時(shí)酵母粉牛肉粉等影響表觀(guān)轉化率的計算。
二、一個(gè)菌株應該對應一套小試發(fā)酵工藝。技術(shù)轉移的過(guò)程也是發(fā)現與解決一些實(shí)際問(wèn)題的過(guò)程，這期間可能涉及到菌株的重新構建。重新構建之后的菌株，應該對應一套新的小試發(fā)酵工藝，因為即使相同的底盤(pán)，相同的設計策略與框架，稍微變化一個(gè)基因，其影響是系統性的。利用分子層面的理論推導，與小試的快速反應實(shí)驗，對比其消耗與產(chǎn)量，生產(chǎn)曲線(xiàn)與產(chǎn)出效率特性，再次摸索出最佳的小試發(fā)酵工藝，再小試指導中試摸索。
本人接觸到一個(gè)項目，前期菌株發(fā)酵產(chǎn)物的能力也到可工業(yè)化水平，后期為了再提升產(chǎn)量，更換了菌株中的兩個(gè)基因。經(jīng)過(guò)很多次摸索，即使是同一底盤(pán)菌株，但最佳工藝的溫控點(diǎn)就比原來(lái)的稍高，深究其原因是需要重新平衡關(guān)鍵酶活性與中間代謝物質(zhì)及整體能量的平衡。其他如補料等控制也相應地不一樣了，到最后兩株菌株，各自對應不同的最佳發(fā)酵工藝。
三、提取收率應與菌株關(guān)聯(lián)。因為提取收率與工藝路線(xiàn)選擇關(guān)聯(lián)度大，而提取工藝路線(xiàn)選擇又與菌株特性及發(fā)酵液質(zhì)量關(guān)聯(lián)度大，故此應先穩定菌株與發(fā)酵工藝。一般小試時(shí)可摸索發(fā)酵液的物質(zhì)成分，主產(chǎn)物與特定雜質(zhì)的性質(zhì)，分離可采用的初步路線(xiàn)。在菌株確定后，放大工藝逐步調整穩定后，可再細化豐富其分離單元，完善工藝路線(xiàn)，制得合格產(chǎn)品后得出提取收率。
本人接觸到一個(gè)項目，一個(gè)菌株的產(chǎn)物純度較高，其提取的工藝就比較簡(jiǎn)單，固液分離、萃取純化、蒸餾精餾即可，其收率也相應較高；另一個(gè)菌株的產(chǎn)物純度偏低，相類(lèi)似物也較高，利用原先的路線(xiàn)得不到合格的樣品，需要再次考慮類(lèi)似物的分離，其分離模塊就有所豐富，提取收率就隨著(zhù)下降了。最終導致項目的整個(gè)計算模型也有變化。
綜上，合成生物學(xué)技術(shù)轉移中雙方確認指標時(shí)，需正確看待表觀(guān)轉化率的差異；一個(gè)菌株應該對應一套小試發(fā)酵工藝；提取收率應與菌株關(guān)聯(lián)。
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